内蒙古地處蒙古高原，地域遼闊，生态環境多樣，孕育了得天獨厚的物種資源和天然草原，本學科根據當前生物學領域的發展趨勢并結合當地實際，本着區域生物質能源的利用、生态環境保護、資源合理利用、農牧業健康持續發展的宗旨，以微生物學理論和技術在農牧業領域廣泛應用為特色的學科建設方針，在應用微生物學領域形成明顯的優勢。該學科經過長期建設，形成3個特色鮮明的方向：

1、資源與環境微生物

運用現代微生物學及分子生物學手段，針對内蒙地區及寒旱區特殊生态環境條件下的微生物資源，以促進該區域經濟發展和改善生态環境中有益微生物的合理利用和有害微生物的長效防治為切入點，理論上研究該區域特有的極端環境下的植物促生、光合、纖維降解、土壤改良和生态恢複等功能微生物的分布、多樣性、生理生态功能；運用微生物學、基因工程、分子生物學和生物化學理論和技術，對功能微生物進行分離、鑒定；探索功能微生物的作用機制。對其功能微生物進一步的進行挖掘，開發農作物促生菌肥、生物防治菌劑、林木菌根菌劑、土壤改良劑、飼料添加劑及功能成分的應用生産技術，并在馬鈴薯、玉米、燕麥和林木種植中應用。學科初步形成理論、技術和應用相結合的學科優勢。

2、微生物分子生物學

利用微生物及分子生物學的理論和技術來篩選内蒙地區及寒旱區植物生長促進、生物防治病蟲害以及乳品發酵的有益微生物，探究這些微生物的功能基因、功能成分及其作用機理和代謝機制。

3、應用與環境微生物

以農林植物為材料，根據中國北方旱、寒等環境特點，研究資源化利用途徑、技術，篩選、鑒定高效生物轉化效率菌種，研究生物轉化機理，探讨生物改造途徑。

學術隊伍

目前學科隊伍有7人，教授3人，副教授3人，講師1人，6人具有博士學位，博士生導師2人，碩士生導師5人。

學術成果

主課各級課題項目17項，合計經費500多萬元，人均經費 17萬元；在研項目10項，經費150多萬元，人均經費43萬元。發表文章67篇，其中SCI收錄815，EI收錄1篇，核心期刊24篇。授權得國家發明專利1項。