該學科是在内蒙古農業大學生物工程、食品工程、生物技術、生物科學和制藥工程五個本科專業多年教學科研的基礎上成立的，于2003年正式被批準為碩士學位授權點，2004年開始招收碩士生。發酵工程碩士點是内蒙古自治區發酵工程學科唯一的碩士學位授權點。
主要研究方向
1、發酵工程技術應用：從菌種、工藝控制及發酵設備等方面研究發酵技術的實際應用。
2、微生物生理與發酵工程：研究微生物的生理特性，代謝途徑及發酵過程中的生理條件。
3、發酵産物分離與分析：研究發酵原料、中間物、産物的性質特征及數量特征，依據相關理論建立其科學可行的分析與分離方法。
